島原半島は、すでに洪積世の人間の歴史が刻まれたといわれ、多くの古代遺跡の中には、日本における先駆的な地位と役割を果たしたと思われることも少なくありません。
城下町としての島原の歴史は、有馬氏などの群雄割拠の時代を経て、徳川時代の元和４年（1618）から７年の歳月をかけ松倉重政が島原城を築城したときに始まります。
以来、松平７万石の城下町として島原半島の政治、経済、教育文化の中枢的地位と役割を果たしてきました。
その間、寛永１４年（1637）には、松倉勝家の苛政とキリシタン弾圧に対する｢島原の乱｣が起こり、また寛政４年（1792）には、国内三大難山と言われる眉山が大崩壊し、山崩れと津波によって島原領内でも多数の住民が死亡するという大災害に見舞われました。この２つの大きな動乱と地変を経て明治維新を迎え、明治４年（1871）廃藩置県によって、旧城下町は島原村、島原町、島原湊となり、その後、大正１３年（1924）に島原町となりました。
昭和１５年４月長崎県下で３番目に市制を施行し、昭和３０年には三会村と合併し、また、平成１８年１月１日に有明町と合併いたしました。

　 本市は、長崎県の南東部にある島原半島の東端に位置しており、その面積は８２．７７km²で、島原半島の約１８％を占めています。
中央部の眉山（標高818.7ｍ）を中心として東側の有明海へ伸びる傾斜地となっています。眉山の東斜面には１７９２年の大規模崩壊跡があり、崩壊下部より九十九島周辺の海域にかけては多数の流山が分布しています。
また、眉山の背後には、平成２年に１９８年ぶりに噴火した雲仙・普賢岳があり、その溶岩ドームは平成８年に「平成新山」と命名されました。

東西南北端点	市役所の位置
東端　　北緯32°46′18″　東経130°23′13″ 西端　　北緯32°46′21″　東経130°16′23″ 南端　　北緯32°44′14″　東経130°22′25″ 北端　　北緯32°52′01″　東経130°19′13″	北緯 32°47′17″ 東経130°22′14″

■面積
　８２．７８km²（平成21年10月1日現在）