この聖堂は、1612年～1658年の間に、島原半島一帯で殉教した数万人にもおよぶキリスト教信者のため、日本26聖人殉教400周年と島原の乱から360年の節目にあたる、1997年に祈りの家として建てられました。
聖堂は美しい八角形の建物で、大きな八角形のドームを持っています。「八」は聖書の中で復活と再創造を示す特別な数字であるとともに、イエス様の山上の説教にちなんだ「真福八端」を理念するという意味があります。
聖堂内はイタリア産の大理石を使っており、殉教者の姿を現している十字架上のイエス像や、訪れた人の心を天に向けるようにと造られたドーム型の吹き抜けの天井がひときわ目を引きます。
堂内には殉教地雲仙地獄で始まったという踏み絵のマリア像、島原の乱の陣中聖旗の図案にもなった御聖体組のシンボルの油絵があり、1620年島原半島地域の代表者がローマへ送った署名入りの信仰告白書の複製、殉教者名簿をつらねた掲示板などが島原半島の殉教の歴史を教えてくれます。
教会の窓に設けられたステンドグラスは神の3つの神秘（誕生、苦しみ、復活）を表しているそうで、信仰の歴史を受け継ぎ、伝えようとしています。
聖堂の入口上部には真福八端を表現したバラ窓もあり、夕陽が差し込むとステンドグラスが鮮やかに輝いて、床や壁に光を投げかけ、まるで宝石箱のような空間が広がります。
また、玄関両サイドには、イグナチオ内堀、マグダレナ林田二人のこどもの殉教者像が建っており、境内にあるルルドは島原半島の殉教地とセミナリヨ発祥の地から集められた石で制作されたそうです。
「わが子よ」と題された像は、キリスト生誕2000年の大聖年（ヨベルの年）に建てられたもので、神様のもとに人々が帰ってくるようにとの願いが込められています。
ここは殉教者の心を思い、祈った人々の真心が込められた教会であり、島原キリシタンの光と影をあらためて考えさせる場所です。