溶岩ドームの成長とともに、火砕流の到達距離が長くなりました。平成３年６月３日に発生した大火砕流は、巨大な黒煙を上げながら水無川に沿って猛スピードで流れ落ち、北上木場地区を飲み込みました。避難勧告地区内で警戒中の消防団員、警察官、取材中の報道関係者などが巻き込まれ、死者４０人、行方不明３人という犠牲者を出しました。また、人家や農地、山林などを広範囲に焼き尽くしました。
続く火砕流被害
６月８日にはさらに大規模な火砕流が発生。人的な被害はなかったものの、火口から６キロメートル下流の国道５７号付近まで到達し、２０７棟の家屋が焼失、倒壊しました。
９月１５日には普賢岳北東斜面で最大規模の火砕流が発生。おしが谷を下り、先端は上木場地区に到り、白谷町に達しました。また、火砕流に伴う広範囲な熱風によって、深江町大野木場地区、島原市上木場地区で、住宅・山林火災が発生し２１８棟が焼失、倒壊しました。
平成５年５月～６月にも大規模な火砕流が発生しました。新たに中尾川方面で治山ダムを越えて南千本木地区の集落に達しました。６月２３日には１名の犠牲者が発生。６月２４日には県道愛野島原線を飲み込み、６月２６日には初めて国道５７号を越える地点まで火砕流が到達しました。
９４３２回の火砕流
噴火活動が終息するまで、実に９４３２回の火砕流が発生。一日最多の記録では平成６年８月２５日の６８回が数えられます。溶岩の総噴出量は２億４千万立方メートル、福岡ドームの１３６杯分、東京ドームの１９０杯分。島原市民は、いつ果てるともしれない火砕流の恐怖とともに生活を続けました。